Ulga B + R a wynagrodzenia pracowników – wnioski z interpretacji ogólnej MF z dnia 13 lutego 2024 r.

Obraz autorstwa freepik

Przypomnijmy

Generalnie, w celu skorzystania z ulgi podatkowej na badania i rozwój podatnik powinien  prowadzić działalność B+R oraz ponosić koszty kwalifikowane. Jednym z nich są koszty związane z zatrudnieniem pracowników realizujących projekty badawczo-rozwojowe (umowa o pracę). Ich regulację prawną zawiera art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT 3 oraz  art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT.

Na ten temat pisałyśmy w artykułach:

• Rozliczenie ulgi B+R za rok 2025 – najważniejsze informacje (1)
• Rozliczenie ulgi B+R za rok 2025 – najważniejsze informacje (4) 

Zobacz także nasz e- book:

Ulga badawczo-rozwojowa – koszty kwalifikowane – interpretacje podatkowe

Co wskazał Minister  Finansów  w Interpretacji Ogólnej?

W Interpretacji Ogólnej z dnia 13 lutego 2024 r. (sygn. DD8.8203.1.2021 publ. Dz.Urzęd.MF. z 2024 r. poz. 16) Minister Finansów wskazał , że:

„(…) nie ma zatem podstaw prawnych do wyłączenia z katalogu kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej należności poniesionych przez pracodawcę, stanowiących, zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, przychód pracownika realizującego działalność badawczo-rozwojową, a uzyskanych, gdy nie świadczy on pracy z powodu usprawiedliwionej nieobecności. Zarówno wynagrodzenia za czas urlopu jak i choroby stanowią przychód pracownika, o którym mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT. Nie zmienia to faktu, że w dalszym ciągu, aby skorzystać z ulgi badawczo-rozwojowej, podatnik musi spełnić łącznie wszystkie wymagane warunki określone w ustawach o podatkach dochodowych, (…)”.

Zgodnie z kierunkiem interpretacyjnym:

„Istotne jest, aby pracownik wykonywał zadania będące realizacją prac badawczo-rozwojowych, wówczas wynagrodzenie takiego pracownika oraz koszty świadczeń poniesionych na jego rzecz będą mogły stanowić dla Wnioskodawcy koszt kwalifikowany w całości.

Zatem, w przypadku, gdy pracownik w ramach świadczonej pracy wykonuje obowiązki nie tylko związane z działalnością badawczo-rozwojową, zasadnym jest wyodrębnienie (wyłączenie z ulgi badawczo-rozwojowej) tej części wynagrodzenia oraz świadczeń wypłaconych pracownikom zajmującym się działalnością badawczo-rozwojową, a także składek od tych przychodów, określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, która nie jest związana z realizacją działalności badawczo-rozwojowej” – tak przykładowo interpretacja indywidualna wydana w dniu 16 lutego 2026 r. (sygn. 0114-KDIP2-1.4010.660.2025.2.DK) oraz interpretacja  indywidualna z dnia 4 lutego 2026 r. (sygn. 0114-KDIP2-1.4010.650.2025.2.DK).

Zobacz: Interpretacja Ogólna MF: Koszty kwalifikowane w uldze badawczo-rozwojowej – wynagrodzenie urlopowe i chorobowe pracownika

Ulga B + R a wynagrodzenia pracowników – jak było przed wydaniem Interpretacji Ogólnej MF

We wcześniej wydanych interpretacjach podatkowych organ skarbowy nie zgadzał się ze stanowiskiem Wnioskodawcy, że:

„(…) że koszty kwalifikowane mogą stanowić wszystkie składniki wynagrodzenia wynikające z przepisów prawa pracy, w tym należności nie tylko za czas faktycznie przepracowany, ale również za okresy, w których pracownicy nie świadczą pracy (czyli w okresie urlopów, zwolnień etc.)” [1].

Natomiast sądy administracyjne stały po stronie podatnika. W uzasadnieniu wyroku z dnia 12 grudnia 2023 r. (sygn. akt  III SA/Wa 1991/23) WSA w Warszawie wskazał, że:

„(…) w ramach należności, które proporcjonalnie należy uwzględnić przy obliczaniu kosztów kwalifikowanych uwzględnić należy każdą należność pieniężną, wypłaconą pracownikowi, niezależnie od tego, czy dotyczy ona zapłaty za czas faktycznie przepracowany, czy też za czas usprawiedliwionej nieobecności w pracy (urlopu, czy choroby)”.

Co się stało później ?

Po wydaniu Interpretacji Ogólnej MF wcześniej wydane interpretacje indywidualne zostały wygaszone w całości. W interpretacji podatkowej z dnia 30 września 2024 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4017.3.2024.1.MBD) organ skarbowy wyjaśnia:

„Odnosząc się do kwestii ochrony wynikającej z wygaszonej interpretacji należy zauważyć, że interpretacja z 18 sierpnia 2023 r. nr 0114-KDIP2-1.4010.323.2023.2.MR1 pomimo tego, że odpowiadała na 4 pytania, z których tylko jedno związane było z interpretacją ogólną z 13 lutego 2024 r., nr DD8.8203.1.2021 stanowiła jeden akt.”

Dyrektor  KIS powołuje  się tutaj na przepisy Ordynacji podatkowej, które „(…) nie przewidują (…) wygaszania interpretacji w części. W sytuacji gdy interpretacja indywidualna jest niezgodna z interpretacją ogólną w części – właściwym jest zastosowanie procedury z art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej” .

Zobacz także:

Interpretację indywidualną  Dyrektora KIS z dnia 21 marca 2025 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.765.2024.2.ZK).

Co na to sąd administracyjny ?

Sądy administracyjne nie zgadzają się ze stanowiskiem organu interpretacyjnego. W uzasadnieniu wyroku z dnia 14 lutego 2025 r. w sprawie o sygn. akt I SA/Kr 971/24 WSA w Krakowie:

  „(…) nie podziela poglądu organu co do braku możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części. W interpretacjach indywidualnych bowiem organ dokonuje interpretacji wielu przepisów prawa podatkowego, często dotyczących różnych kwestii. Zatem nieuprawnione byłoby stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, tj. również w zagadnieniach prawidłowo zinterpretowanych, w sytuacji kiedy konieczność ta pojawiła się w związku z jednym elementem sprawy (jednym przepisem), który to element nie miał znaczenia dla pozostałych kwestii poruszonych w danej interpretacji” [2] .

Tożsame stanowisko wynika z wyroku WSA w Poznaniu  z dnia  27 marca 2025 r. (sygn. I SA/Po 33/25) oraz WSA w Gliwicach z dnia 16 kwietnia 2025 r. (sygn. I SA/Gl 1280/24).

Przedsiębiorca odliczy…

W obowiązującym stanie prawnym przedsiębiorcy korzystający z ulgi B+R odliczą wynagrodzenia pracowników, którzy realizują projekty badawczo – rozwojowe, a przebywają na urlopach  wypoczynkowych lub zwolnieniach lekarskich. W ten sposób nie pomniejszy się ich czas pracy przeznaczony na działalność badawczo-rozwojową w firmie.

Przykładowo w interpretacji podatkowej  z dnia  25 lipca 2024 r.  (sygn. 0114-KDIP2-1.4010.467.2023.8.S/AZ) wydanej po wyroku sądu administracyjnego [3] Dyrektor KIS stwierdził, że:

„(…) stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku w zakresie ustalenia, czy Spółka może zaliczać do kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R opisane wydatki wskazanych osób na wynagrodzenia za czas choroby, za czas urlopu lub innej usprawiedliwionej nieobecności w pracy – jest prawidłowe”.

… ma również możliwość złożenia korekty wcześniejszych zeznań podatkowych

Podatnicy podatku PIT lub CIT mają możliwość skorygowania wcześniejszych nieprzedawnionych  jeszcze zeznań podatkowych w zakresie ulgi B+R  wraz z dołączonym załącznikiem  PIT /BR  lub CIT/BR.

Zezwala na to art. 81 § 1 ustawy – Ordynacja podatkowa zgodnie z którym jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej, podatnicy, płatnicy i inkasenci mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację. W świetle art. 81 § 2 niniejszej ustawy skorygowanie deklaracji następuje przez złożenie korygującej deklaracji.

„Skorygowanie deklaracji polega więc na ponownym – poprawnym już – wypełnieniu jej formularza z zaznaczeniem, że w tym przypadku mamy do czynienia z korektą uprzednio złożonej deklaracji. Dlatego w przypadku złożenia korekty zeznania za dany rok podatkowy zastosowanie mają przepisy obowiązujące w roku złożenia pierwotnego zeznania” – wyjaśnia organ interpretacyjny [4] .

Wraz ze złożeniem do urzędu skarbowego korekty zeznania podatkowego zalecane jest  dołączenie pisma przewodniego o przyczynie korekty. Jeżeli korekta dotyczy ulgi B+R można powoływać się na Interpretację Ogólną  Ministra Finansów  z dnia 13 lutego 2024 r. (sygn. DD8.8203.1.2021).

Skutkiem takiej korekty może być powstanie nadpłaty w poprzednich latach podatkowych (moc wsteczna).

Podstawa prawna:

• Art. 26e ust. 2 pkt 1 Ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 163).
• Art. 18d ust. 2 pkt 1  Ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 278).
• Art. 81 § 1 i § 2 Ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111).
• Interpretacja Ogólna Ministra Finansów   z  dnia 13 lutego 2024 r. w sprawie możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika ( sygn. DD8.8203.1.2021, publ. Dz.Urz. MF 2024.16).

Objaśnienia:

[1] Tak przykładowo interpretacja indywidualna Dyrektora KIS wydana w dniu 27 lipca 2022 r. ( sygn. 0111-KDIB1-3.4010.296.2022.2.IM  uchylona wyrokiem WSA we Wrocławiu z dnia 27.06.2023 sygn. akt I SA/Wr 681/22) – dostęp w dniu 9 marca 2026 r.

[2] Wyrok WSA w Krakowie z dnia 14 lutego 2025 r. ( sygn.. akt I SA/Kr 971/24) jest nieprawomocny – dostęp w dniu 9 marca 2026 r.

[3] Interpretacja indywidualna  Dyrektora KIS  z dnia 25 lipca 2024 r. (sygn. 0114-KDIP2-1.4010.467.2023.8.S/AZ) została wydana po wyroku WSA w Warszawie  z dnia z 14 marca 2024 r. (sygn. akt III SA/Wa 30/24) – dostęp w dniu 9 marca 2026 r.

[4] Tak interpretacja indywidualna  Dyrektora KIS z dnia 22 grudnia 2025 r. ( sygn. 0111-KDIB1-3.4010.591.2025.1.MBD) – dostęp w dniu 9  marca 2026 r.

Stan prawny na dzień  18 marca 2026 r.

Małgorzata Gach, Wanda Książek